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本文标题:"古DNA或现代DNA序列测定时进行直接测序实验"

发布者:yiyi ------ 分类: 行业动态 ------ 人浏览过-----时间:2019-4-1 23:53:45

古DNA或现代DNA序列测定时进行直接测序实验

 
 
    除非有非常重要的理由需要克隆PCR产物,一般来说,PCR产物应该直
接测序。克隆是从扩增产物中抽取单个的分子。这些单个的分子可能含有
错误的扩增及重组DNA片段(P~bo,1990;Handt efa/.,1994b;Golenbe
rg efa/.,1996)或者外源DNA的污染(Handtera/.,1994b;Krings ec
a/.,1997)。每一个克隆含有相同几率的扩增误差,因而,对序列变异
的最终了解决定于克隆取样的多少和策略。根据是否为真实的序列的预先
假设而去掉一些克隆,而保留另外一些克隆的做法(Handt efa/.,1994b
~Krings efa/.,1997),尽管有些偏颇,但是可以理解的,并且是合理
的。事实上,这个标准也适于在古DNA或现代DNA序列测定时进行直接测序
或克隆测序。扩增片段大小不对或明显是错误基因的扩增产物通常被标记
为PCR误扩增或假结果。另一方面,接受一些克隆,则问题更为复杂并有待
于合理的解释。例如,假定大多数获得的序列是真实的而小部分是污染的
序列就忽略了这样一个事实,即已知的PCR产物的数量与污染程度、模板总
数以及与引物互补的特异序列之间差异有直接的联系,而不是与实际的真
实性相关。直接对PCR产物进行测序基于这样的认识,除非扩增错误是在起
始模板分子很少的首轮PCR循环中形成的,单个扩增错误在序列中是近乎随
机的,并且在终产物中的频率较小。由“jump PCR'’(门胁o efa/.,19
90)产生的拼合也是如此。因此,大多数的由多聚酶造成的错误可以检测出
来,
 

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